Im Herbst 1888 steht der österreichische Thronfolger Rudolf (Max von Thun) am Scheideweg seines Lebens. Unter dem Einfluss von Premierminister Graf Taaffe (Christian Clavier) und der katholischen Kirche führt der Kaiser (Klaus Maria Brandauer) das österreichisch-ungarische Kaiserreich immer näher an den für Rudolf absehbaren Zerfall. Das deutsche Reich unter seinem jungen Kaiser Wilhelm II. (Robert Stadlober), einst Rudolfs belächelter Freund, nun sein persönlicher Feind, strebt immer vehementer nach der Vorherrschaft in Europa. Der Kronprinz, der wiederholte Angebote ungarischer Nationalisten ausschlägt, sich in Budapest krönen zu lassen, sucht vergeblich die Nähe seines Vaters. Noch immer sieht er im geliebten, schlecht beratenen Kaiser das Vorbild für einen guten Monarchen. Sein Cousin Erzherzog Johann (Fritz Karl) drängt ihn zu einer Entscheidung, Partei gegen den Vater zu ergreifen. Rudolfs Ablehnung ist vehement, obwohl auch seine Mutter, Kaiserin Sisi (Sandra Ceccarelli), ihn auffordert, über Ungarn "nachzudenken".

Die Ehe mit Stephanie (Daniela Golpashin) ist längst zu einer Tortur wiederkehrender Konflikte und Vorwürfe verkommen. Rudolfs Gesundheit ist angegriffen. Seine geheime politische Tätigkeit und sein Einsatz für die Armee übersteigen seine körperlichen Kräfte. Rudolfs bevorzugte "Arzneien" sind Morphium und Alkohol. Sein einziger wahrer Freund ist die ehemalige Prostituierte Mizzi Kaspar (Birgit Minichmayr), der er ein bürgerliches Haus gekauft hat, in dem er seine spärliche Freizeit verbringt.

Rudolfs Cousine Marie Larisch (Julia Cencig) organisiert einen ersten nächtlichen Besuch von Mary Vetsera (Vittoria Puccini) in der Hofburg. Eine gegenseitige Faszination zwischen dem Kronprinzen und der Baronesse entspinnt sich, die erst spät und auf Marys Betreiben zu einer Liebesaffäre führt. Rudolf und Mary begeben sich zunehmend in eine von Gefühl und Leidenschaft bestimmte Gegenwelt zu Rudolfs bedrängter öffentlicher Existenz.

Die geheime schriftstellerische Tätigkeit des Kronprinzen bringt seinen Herausgeber Moritz Szeps (Joachim Król) ins Gefängnis. Auf der Straße fordern antisemitische Nationalisten unter ihrem Führer Schönerer (Georges Kern) den Anschluss Österreichs an das Deutsche Reich. Rudolf sucht mit seinem "Kronprinzenwerk", einer umfassenden, wissenschaftlichen Darstellung Österreich-Ungarns, die Achtung des Kaisers zu gewinnen. Als Franz Joseph vor Zeugen Rudolfs Fähigkeit bezweifelt, so ein Werk zu verfassen, wird Rudolf von ersten Selbstmordgedanken bedrängt. Aus Sorge um ihn geht Mizzi Kaspar zum Polizeipräsidenten Kraus (Heribert Sasse), der wiederum Premierminister Taaffe von den Suizidabsichten des Kronprinzen informiert. Der unterlässt bewusst jeden Bericht an den Kaiser. Das Problem, das Rudolf für ihn darstellt, könnte sich ganz von selbst lösen.

Auf Vermittlung von Szeps trifft Rudolf insgeheim den französischen Oppositionsführer Clemenceau (Michael König). Falls er die bevorstehenden Wahlen in Frankreich gewinnt, könnte Österreich-Ungarn zum Nachteil Deutschlands näher an Frankreich rücken. Die Voraussetzung ist, dass Rudolf der Macht näher kommt, seinen Vater für seine Pläne gewinnt - oder sich gegen ihn stellt. Helene Vetsera (Alexandra Vandernoot) erfährt von der Affäre ihrer Tochter Mary mit Rudolf, mit dem sie selbst vor Jahren eine Liaison hatte. Unverzüglich bringt sie Mary nach England. Mary stimmt einer Heirat mit dem Prinzen Braganza (Gabriel Barylli) zu, um zurückkehren zu dürfen, in Wahrheit, um Rudolf wieder zu sehen.

Endlich sammelt Rudolf den Mut zu einer Aussprache mit seinem Vater. Überraschend teilt Franz Joseph ihm mit, dass er niemals den Thron besteigen werde, dass er nicht würdig sei, sein Nachfolger zu werden. Kurz darauf lässt Taaffe den am Boden zerstörten Kronprinzen wissen, dass er sein Pseudonym "Julius Felix" kenne und ausreichend Material für einen Hochverrats-Prozess gegen ihn in Händen habe.

Rudolf sieht seinen einzigen Ausweg in der Zustimmung zu Johanns umstürzlerischen Plänen. Wenn die Wahlen in Frankreich Clemenceau an die Macht bringen und wenn das ungarische Parlament einer eigenständigen ungarischen Armee zustimmt, werden sie losschlagen. Die Entscheidung wird Rudolf am 28. Jänner 1889 im kaiserlichen Jagdschloss Mayerling erwarten.

Mary besteht darauf, dass Rudolf sie nach Mayerling mitnimmt, ein letztes Mal vor ihrer Verehelichung mit Braganza. Als Rudolfs politische Pläne scheitern, weigert sie sich, ihn zu verlassen. Gemeinsam gehen sie in den Tod.

Mit Max von Thun (Rudolf), Vittoria Puccini (Mary Vetsera), Klaus Maria Brandauer (Franz-Joseph), Sandra Ceccarelli (Sisi), Birgit Minichmayr (Mizzi), Christian Clavier (Taffee), Julia Jentsch (Sarah), Omar Sharif (Canon), Julia Cencig (Larisch), Daniela Golpashin (Stephanie), Fritz Karl (Johann), Karl Markovics (Bombelles), Gabriel Barylli (Braganza), Wolfgang Böck (Bratfisch), Nikolaus Paryla (Loschek), Joachim Król (Szeps) u.a.

Drehbuch: Klaus Lintschinger und Didier Decoin
Regie: Robert Dornhelm