Eine weitere - relativ neue - Methode ist die Cisgen-Technologie. Auch dabei wird Gentechnik angewandt, aber man verwendet nur Gene von Pflanzen, die von Natur aus kreuzbar sind. Das Smart Breeding, die Präzisionszucht, beschreitet einen anderen Weg. Wie bei der klassischen Kreuzung kombiniert man hier nur Genmaterial der gleichen Art, etwa einer Tomate. Die Auswahl der Partner erfolgt jedoch durch zielgenaue Genanalyse. Hat man die Pflanzen mit den gewünschten Eigenschaften ermittelt, werden sie wie gewohnt durch Bestäubung miteinander gekreuzt. Welche Nachkommen die gewünschten Gene geerbt haben, läßt sich wiederum durch Genanalyse in einer frühen Entwicklungsstufe nachweisen.