1996 veröffentlichte "Der Spiegel" nach einer Genanalyse, dass Kaspar Hauser nicht der Erbprinz von Baden gewesen sein kann. "Sphinx" geht der Geschichte und den Indizien im Mordfall Kaspar Hauser noch einmal nach. Zahlreiche Vermutungen geben Hinweise auf mögliche Orte, an denen er in seiner Kindheit eingekerkert gewesen sein könnte.Im Zuge der Filmarbeiten wird in Schloss Beuggen am Rhein ein ungeöffnetes Geheimverlies aufgebrochen. Ein außergewöhnlicher Fund dort liefert tatsächlich ein neues Indiz dafür, dass Kaspar Hauser als kleines Kind auf Schloss Beuggen gefangen gehalten wurde.
Noch aufschlussreicher verläuft jedoch die Suche nach den leiblichen Eltern des Jungen. Es wurde eine neue DNA-Analyse vorgenommen. Beauftragt damit wurde das auf knifflige Fälle spezialisierte Rechtsmedizinische Institut der Universität Münster. Unter absoluter Geheimhaltung ist es dem Rechtsmediziner Professor Bernd Brinkmann gelungen, das Resulat von 1996 zu korrigieren. Das festgestellte Ergebnis ist eine historische Sensation: die genetische Spur führt eindeutig in Richtung Fürstenhaus von Baden.