Um das Jahr 1820 wird die Grenze zwischen Bayern und Österreich neu gezogen. Der Grenzfluss Salzach trennt nicht nur zwei Ortschaften - Laufen und Oberndorf -, er trennt auch in Reich und Arm: In Bayern sind die Zölle gefallen, und die Laufener Händler erleben einen ungeahnten Aufschwung. Den Oberndorfern hingegen geht es zunehmend schlechter. Darüber hinaus unternimmt der reiche, skrupellose Großkaufmann Burgschwaiger (Jörg Hube) alles, um das Monopol des Oberndorfer Schiffer-Anführers Hans Schlagerer (Michael Mendl) zu brechen, weil er nur so den Bau einer Eisenbahn verwirklichen kann.

In dieser Zeit des Umbruchs wird der Hilfspfarrer Josef Mohr (Tobias Moretti) beauftragt, dem Oberndorfer Pfarrer Nöstler (Erwin Steinhauer) beizustehen, die vom Glauben abgefallenen Oberndorfer wieder zu bekehren. Als Mohr in dem kleinen Salzburger Ort ankommt, gerät er geradewegs in die Auseinandersetzung der Schiffer mit dem reichen Burgschwaiger. Die Schiffer kämpfen verzweifelt um ihr Monopol, während der selbstgefällige und intrigante Pfarrer Nöstler sich dem reichen Burgschwaiger anbiedert, der ihm ein angenehmes Leben für seine Dienste bietet.
Mohr stellt sich auf die Seite der Schiffer. Seine Verbündeten dabei sind der Lehrer Franz Gruber (Heio von Stetten), der kleine Hannes (Aaron Karl), mit dem Mohr eine tiefe Freundschaft verbindet, und der draufgängerische Schlagerer-Sohn Markus (Norman Schenk), der nicht nur um seine Existenz, sondern auch um die Liebe der jungen Maria (Bernadette Heerwagen), der taubstummen Schwester von Hannes, kämpft.
Die Gegner erscheinen übermächtig, und doch wird Josef Mohr sein Ziel erreichen - und, gemeinsam mit Franz Gruber, den Oberndorfern ein unsterbliches Lied schenken, das ihnen neue Kraft und neues Gottvertrauen gibt: "Stille Nacht, heilige Nacht".

Die Dreharbeiten fanden im Winter und Sommer 1997 nicht am Originalschauplatz in Oberndorf an der Salzach, sondern in Matrei in Osttirol, in Gmünd in Kärnten und in Waidhofen an der Ybbs in Niederösterreich statt. In Matrei wurde das mehr als 200 Jahre alte Bauernhaus der "Agnes", im Film eine kräuterkundige Außenseiterin (Krista Posch), gefunden. Das Pfarrhaus, in dem Josef Mohr lebt, steht in Lienz, und die Matreier Kirche St. Nikolaus aus dem 12. Jahrhundert war ein weiterer Drehort. Das historische Städtchen Gmünd in Kärnten wurde in das Oberndorf des 19. Jahrhunderts verwandelt. Dazu wurde unter Mithilfe der Anrainer ein ganzer Stadtteil umgebaut und unter Mithilfe der Gmünder Bevölkerung das Ortsbild verändert. In Waidhofen an der Ybbs entstanden im Sommer 1997 unter teils schwierigen Wetterbedingungen die Flussszenen.