Chefredakteur Dimitri Muratow schrieb in einem offenen Brief an Bastrykin, Leiter des für Schwerverbrechen zuständigen Ermittlungsausschusses bei der Generalstaatsanwaltschaft, dieser habe Sokolows Leben "brutal bedroht". "Sie haben sogar gewitzelt, Sie würden dann selbst den (Mord-)Fall untersuchen". Sokolow war laut seinem Chef am 11. Juni zusammen mit Bastrykin außerhalb Moskaus unterwegs gewesen. Nach der Rückkehr in die Hauptstadt hätten "Sicherheitsbeamte Sokolow in ein Auto gesteckt und ihn in einen Wald in der Moskauer Region gefahren". Dort habe Bastrykin ihn dann mit dem Tode bedroht. Der Ermittlungsausschuss wollte sich auf Anfrage nicht zu dem Fall nicht äußern.

Fünf Journalisten, die vor dem Sitz des Ermittlungsausschusses in Moskau an einer Protestkundgebung teilnahmen, wurden am 13. Juni festgenommen. Bei vier von ihnen handelte es sich um Mitarbeiter des Radiosenders Moskauer Echo. Auslöser des Streits war laut Muratow ein Artikel Sokolows vom 4. Juni. In diesem beschuldigte er Bastrykin, einen Mann nur mit einer Geldbuße bestraft zu haben, der 2010 einen Mehrfach-Mord vertuschen wollte. Damals waren zwölf Menschen, darunter mehrere Kinder, in der südrussischen Ortschaft Kuschtschewskaja getötet worden.

Die "Nowaja Gaseta" gehört dem Finanzinvestor Alexander Lebedew und dem letzten sowjetischen Staatschef Michail Gorbatschow. Die Zeitung ist für ihre investigativen Berichte und ihre harte Kritik an Präsident Wladimir Putin bekannt. Die getötete Politkowskaja gehörte zu den wenigen Journalisten, die über Menschenrechtsverstöße während des Tschetschenien-Krieges berichtete. Die Arbeit der Ermittlungsbehörden im Fall Politkowskaja wurde international scharf kritisiert, ihnen wurde ein mangelnder Aufklärungswille vorgeworfen. Bis heute sind die Drahtzieher des Mordes nicht ermittelt.

Einen Tag nach den Massenprotesten gegen Putin lud die Ermittlungsbehörde den Linskspolitiker Sergej Udalzow und den Anti-Korruptionsblogger Alexej Nawalny vor. Nach Behördenangaben ging es um die Rolle der beiden Regierungsgegner bei den gewalttätigen Protesten am 7. Mai, dem Tag von Putins Amtseinführung. Am Montag waren die Wohnungen der beiden Protestanführer durchsucht worden.