Atomkraftgegner bemängeln unter Verweis auf Medienberichte, dass das EWI mit den AKW-Betreibern verflochten sei. Laut "Spiegel Online" wird die Stiftungsprofessur des EWI-Leiters von den Konzernen RWE, Eon und Vattenfall mitfinanziert. Die "Süddeutsche Zeitung" hatte bereits berichtet, dass auch das EWI selbst Geld von den Reaktorbetreibern RWE und Eon erhalten habe. Regierungssprecher Steegmans wies die Kritik zurück. Das EWI selbst habe eine Einflussnahme ausgeschlossen. Zugleich betonte er, die Studie liefere nur einen "Anhaltspunkt" bei der Formulierung des Energiekonzepts.