Die Inkubationszeit liegt, in Abhängigkeit vom jeweiligen Erreger zwischen acht Tagen (
P. ovale und P. vivax) und maximal zwei Jahren (
P. falciparum). Die äußere Inkubationszeit in der Mücke liegt bei maximal 835 Tagen. Betroffene klagen über grippeartige Frühsymptome. Ein Malariaanfall verläuft dann in drei Phasen. Zunächst hat der Erkrankte Schüttelfrost ("cold stage"), dann steigt die Temperatur auf 39 bis 41 Grad Celsius ("hot stage"), zuletzt kommt es zu Schweißausbrüchen ("wet stage"). Der Fieberverlauf kann in den ersten Tagen anderen bakteriellen, viralen oder parasitären Erkrankungen gleichen. Nach etwa einer Woche synchronisieren sich die Fieberanfälle bei einem Teil der Patienten zum "typischen" zwei bis drei Tage-Rhythmus. Nur bei der Malaria tropica ist der Fieberverlauf unregelmäßig, wobei es auch zu einer "febris continua" kommen kann.