Im Juni 2009 war sein Leichnam exhumiert worden, um die genauen Umstände seines Todes zu untersuchen. Am 3. Dezember 2009 war der Leichnam dann im geschlossenen Sarg in der Jara-Stiftung aufgebahrt worden.

Jara ist nach Salvador Allende das wohl bekannteste Opfer der Pinochet-Diktatur. Bei der Totenwache erwiesen dem 1932 geborenen Künstler zahlreiche Weggefährten und Bewunderer, darunter auch die Präsidentin Michelle Bachelet, die letzte Ehre. Bei einem stundenlangen Trauerzug am 5. Dezember 2009 durch die Hauptstadt Santiago bis zum Friedhof wurde der blumengeschmückte Sarg von tausenden Menschen begleitet. Bei den Klängen seiner bekanntesten Lieder brachen viele Menschen in Tränen aus.

Jaras Lieder wie "Te recuerdo Amanda", "Plegaria del Labrador" oder "El cigarrito" wurden unsterblich, auch durch die Interpretationen des kubanischen Sängers Silvio Rodríguez, der Argentinierin Mercedes Sosa oder ihrer spanischen Kollegen Joan Manuel Serrat und Ana Belén. Jaras Witwe, die Britin Joan Jara, sagte bei einer Gedenkfeier: "Chile hat mir das Schönste im Leben gegeben und genommen."

"Er lebt immer noch unter uns, und ich fühle, dass diese Ehrung notwendig war, auch 36 Jahre später", sagte die Vorsitzende der Vereinigung der Angehörigen von verschleppten Verschwundenen des Pinochet-Regimes, Viviana Díaz, stellvertretend für viele. Auch Bachelet, die selbst unter Pinochet im Gefängnis gesessen hat, äußerte sich sehr bewegt. "Unser Land hat 36 Jahre gebraucht, um diesen Víctor Jara, der zu uns gehört, Chile und seiner Familie zurückzugeben. Dies ist die beste Ehre, die wir ihm erweisen können."