Unwahr ist auch, dass die Kirche treibende Kraft hinter den schrecklichen Entwicklungen steht. Die Kirche steckte durchaus hinter der Inquisition im 11. bis zum 14 Jh., wo sie mit schrecklicher Härte gegen Abweichler vorging, so zum Beispiele gegen die Katharer. Doch die Inquisition und die Hexenverfolgung hängen nur in sofern zusammen, das die menschenverachtenden Methoden, die Rechtfertigungsmuster und die unnachgiebige Härte eine bisher verschlossene Tür öffneten. Das Christentum war Staatsreligion und Häresie (die während der Inquisition bekämpft wurde) griff in das Machtgefüge ein, so bei den staatlich autarken Katharern. Die Hexen bedrohten nie die kirchliche Gewalt.
Auch die kirchliche Theorie selbst war alles andere als einheitlich. Grundsätzlich galt einerseits das Wirken von Teufeln in der Welt durchaus als ernstzunehmende Möglichkeit, andererseits wurde aber auch damit gerechnet, dass Phänomene von der Art der nächtlichen "Ausflüge" und Orgien der Hexen reine Einbildung überhitzter Fantasie seien. Es war eher das Volk, welches Hexenverfolgungen forderte. So kam es vor allem in kleinen und schwach gefestigten Herrschaftsbereichen zu Exzessen bei der Hexenverfolgung. In den großen, mächtigen Flächenstaaten dagegen konnte sich das Volk oft nicht durchsetzen. Wieso war es aber die Bevölkerung, die plötzlich den Hexen Schuld an allem Übel gab?
Die überwiegende Meinung bei den Historikern geht von der Hexenverfolgung als einem komplexen sozialen Prozess mit starken regionalen Unterschieden aus. Vor allem soziale Konflikte wurden über die Hexenverfolgung aufgerollt. Der Historiker Walter Rummel führt am Beispiel der Pfalz aus, dass unliebsame Gegner im Kampf um Wirtschaftsinteressen ihre Nebenbuhler denunzierten, dass Bürger sich so unliebsame Landvogte entledigten, dass Gemeinden durch die selbstverwaltete Hexenverfolgung gegenüber ihrem Herren und Fürsten erstarkten, dass selten vollkommen Mittellose angeklagt waren, weil sie den Prozess, die Folter und die Verbrennung nicht hätten zahlen können: "Die Verfolger der Hexen bedienten sich derselben Alchemie wie die Zauberer: Sie kochen aus Menschenblut Gold."
Verheerend wirkte sich auch das Rechtssystem aus. Die Beweiskraft des Nennens weiterer Hexen unter Folter, die hierzulande ihre schreckliche Rolle spielte, wurde lange nicht angezweifelt.
Die epidemisch einsetzenden Hexenprozesse hingen mit der Einführung des eigentlich fortschrittlichen römischen Rechts zusammen. Das neue Strafgesetzbuch Kaiser Karls V. (1534) setzte anstelle der früheren Privatklagen das Verfahren "von Staats wegen", das noch heute im Strafrecht gillt. Dadurch musste aber der Hexereigeschädigte beim Prozess nicht als Kläger auftreten und schon auf ein bloßes Gerücht konnte "von Staats wegen" ein Verfahren angestrengt werden.
Zu Beginn der Neuzeit wurde Hexerei vom Volk als bedrohliches Massenphänomen wahrgenommen. Der Zeitpunkt hat auch mit den gravierenden wissenschaftlichen und gesellschaftlichen Umwälzungen zu tun. Sie versetzten Obrigkeiten und Untertanen in Weltuntergangsstimmung. Im Christentum der beginnenden Aufklärung sowie der auch konfessionell absolutistischen Herrscher war die bis dahin kaum angetastete magische Volkskultur inakzeptabel geworden. Johann Wolfgang von Goethe wusste aus seiner Jugendzeit in Frankfurt noch von solchen Folterungen und Hinrichtungen zu berichten und leitete davon das Motiv für seine Gretchen-Tragödie ab.